Catedrática de Historia del arte. Doctora en Historia del Arte por la UAM e Investigadora del Programa Ramón y Cajal adscrita al Instituto Universitario de Historia Simancas de la Universidad de Valladolid entre 2001 y 2006. Desde entonces es profesora en el área de Historia del Arte de la Universidad de Cantabria, donde desde 2022 es Catedrática. Presidenta del Comité Español de Historia del Arte CEHA (desde mayo de 2021). Durante 2019-2021 ha sido gestora del área FLA (Filología, Literatura y Arte) de la Agencia Estatal de Investigación. Responsable del Grupo de Investigación "Historia y Teoría del arte" de la UC.
Su actividad como investigadora se centra en el campo de la historia de la arquitectura española -especialmente la gótica- de los siglos XV y XVI (sus artistas, sus formas y sus promotores), tema sobre el que ha dirigido diversos proyectos de Plan Nacional y autonómico, además de realizar más de dos centenares de publicaciones, documentos científicos, técnicos y didácticos sobre Historia del arte.
Además de haber realizado estancias en centros de investigación nacionales (CSIC) e internacionales( IHA Universidad de Lisboa, Dipartamento de Architectura Universitá di Roma Tre) , pertenece a diversas sociedades científicas, consejos editoriales nacionales e internacionales, grupos y redes de investigación, siendo la fundadora de la Red Tardogótico en 2014 que integra a equipos de universidades españolas, portuguesas e italianas. Habitual asesora en comités científicos de congresos y revisora de artículos en revistas indexadas nacionales y extranjeras, sus publicaciones se encuentran en revistas como Archivo Español de Arte, Goya, Cuadernos de Arte, Reales Sitios, Anuario, BSAA, De Arte, Anales de Historia del Arte, Artigrama, Studia Historica, Príncipe de Viana, Laboratorio de Arte, Boletín del Museo e Instituto “Camón Aznar”, o internacionales como Architectural History (Society of Architectural Historians of Great Britain), Anuario IEHS (Univ.de Tandill, Argentina), Artis (Univ. Lisboa, Portugal), Lexicón (Universitá degli Studi di Palermo) o en el Courtauld Institute of Arts de Londres.
Sus publicaciones están disponibles en: unican.academia.edu/BegoñaAlonso y en Dialnet.