La Secretaría General se encarga de dar apoyo a los órganos generales de gobierno y representación de la Universidad para el correcto desarrollo de sus competencias.

Entre otras funciones, se ocupa de la convocatoria de las sesiones de dichos órganos, de la expedición de certificaciones de los acuerdos adoptados y de su publicidad, así como de cuantos actos o hechos consten en la documentación de la Universidad, de la elaboración y custodia de las actas de las reuniones celebradas y de la tramitación del nombramiento y cese de sus miembros. También gestiona los procesos electorales, destacando por su trascendencia y volumen las elecciones al Claustro y a Rectorado, en las que participa toda la comunidad universitaria.

Asimismo, la Secretaría General se encarga del Registro General, cuya misión es la de efectuar el asiento de entrada y salida de solicitudes, escritos y comunicaciones, así como de su distribución. 

La Secretaría General de la Universidad da fe de los actos y acuerdos del Claustro Universitario y del Consejo de Gobierno. Dirige también el Archivo General de la Universidad y la Asesoría Jurídica.

El Archivo General es el servicio común universitario que integra todos los documentos de cualquier naturaleza, época y soporte material, de la actividad académica o administrativa, en el marco de un sistema de gestión único. Su funcionamiento se halla regulado por un reglamento aprobado por acuerdo del Consejo de Gobierno de 19 de julio de 2013. Conforme a lo dispuesto en el mismo, tiene encomendada la gestión, la organización, la reunión, la custodia, la evaluación, el acceso, la difusión y la conservación del patrimonio documental de la Universidad.

La Asesoría Jurídica es la responsable del asesoramiento y consultoría legal de los distintos órganos y unidades de la Universidad de Cantabria sobre la adecuación de su actividad al ordenamiento jurídico.