​Juan Manuel Medina Méndez es graduado en Biotecnología por la Universidad de León (2016). Durante este periodo, trabajó como investigador asociado en los departamentos de Inmunopatología del IDIVAL (Santander) y de Fisiología Animal en INDEGSAL (León), donde se especializó en técnicas de cultivo celular aplicadas a trasplantes y en la farmacodinámica de antiparasitarios de uso veterinario. En 2018 obtuvo un Máster en Bioinformática por la Universidad de Copenhague. Durante su estancia en Dinamarca, trabajó como desarrollador de software en la Universidad Técnica de Dinamarca (DTU) y, posteriormente, como bioinformático en el grupo de Genómica Humana de la Facultad de Medicina de Copenhague, centrado en el estudio de variantes estructurales asociadas a desórdenes cognitivos mediante datos de exomas y RNA-seq. Su Trabajo de Fin de Máster, realizado en el grupo de Microbiología Molecular de la misma universidad, se enfocó en el análisis de genes de resistencia a antibióticos en comunidades microbianas mediante metagenomas y datos de interacción plásmido-hospedador obtenidos por tecnología Hi-C. En 2019 regresó a España, donde trabajó como bioinformático en el IdISBa (Palma de Mallorca), especializándose en la detección de variantes estructurales y SNPs asociadas a cardiopatías congénitas. Desde 2020, desarrolla su tesis doctoral en el Instituto de Biomedicina y Biotecnología de Cantabria (IBBTEC), Universidad de Cantabria, centrada en el análisis metagenómico de genes metabólicos en microbiomas clínicos y ambientales, con especial énfasis en su relación con enfermedades digestivas y la diseminación de plásmidos conjugativos. La tesis está dirigida por los Drs. Javier Crespo y Fernando de la Cruz.​