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Genómica y Transcriptómica Funcional del Desarrollo Tumoral

Publications
12
Projects
6
Thesis
2

Group manager: IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

INST. DE BIOMEDICINA Y BIOTECNOLOGÍA DE CANTABRIA

Cancer functional genomics and transcriptomics

Research lines

Estudio del papel de los complejos remodeladores de la cromatina en el desarrollo tumoral y su posible exolotación terapéutica - Head: IGNACIO VARELA EGOCHEAGA
Implicación de la heterogeneidad genética y funcional en el desarrollo tumoral. - Head: IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

Equipment

BD Rhapsody. Equipo de encapsulado y secuenciación de célula única.

Operating laboratories

Laboratorio de genómica y transcriptómica funcional del desarrollo tumoral. IBBTEC Lab 03.05
Laboratorio principal del grupo en el que se engloban todos sus miembros y hacen las labores recogidas en los orovectos de investigación del grupo

Collaborating Entities

AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACION
European Research Council Executive Agency
FUNDACIÓ INSTITUT DE RECERCA BIOMÈDICA
FUNDACION CIENTIFICA DE LA ASOCIACION ESPAÑOLA CONTRA EL CANCER
GOBIERNO DE CANTABRIA

Members Publications Projects Supervised Theses

1 results

IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

Group manager

Profesor Titular de Universidad

INST. DE BIOMEDICINA Y BIOTECNOLOGÍA DE CANTABRIA

Publications
61
Projects
15
Thesis
4
Patents and technologies
2

1 results

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Year of publication

12 results

High rate of mutations of adhesion molecules and extracellular matrix glycoproteins in patients with adult-onset focal and segmental glomerulosclerosis

Article

Biomedicines, 2023, 11, 1764

Authorship: SARA MARCOS GONZALEZ, EMILIO RODRIGO CALABIA, IGNACIO VARELA EGOCHEAGA, MICHAL CERVIENKA, JAVIER FREIRE SALINAS, JOSE JAVIER GOMEZ ROMAN

2023

MYC directly transactivates CR2/CD21, the receptor of the Epstein-Barr virus, enhancing the viral infection of Burkitt lymphoma cells

Article

Oncogene, 2023, 42(45), 3358-3370

Authorship: ESTER MOLINA HOYO, LUCIA GARCIA GUTIERREZ, VANESSA JUNCO RUISÁNCHEZ, MERCEDES PÉREZ-OLIVARES, VIRGINA G. DE YÉBENES, ROSA FERNANDA BLANCO FERNÁNDEZ, LAURA QUEVEDO PALACIO, JUAN CARLOS ACOSTA COBACHO, ANA V. MARÍN, DANIELA ULGIATI, RAMON MERINO PEREZ, MARIA DOLORES DELGADO VILLAR, IGNACIO VARELA EGOCHEAGA, JOSÉ R. REGUEIRO, IGNACIO MORENO DE ALBORAN, ALMUDENA R. RAMIRO, JAVIER LEON SERRANO

2023

PLCy1/PKC0 Downstream Signaling Controls Cutaneous T-Cell Lymphoma Development and Progression

Article

J Invest Dermatol . 2022 May;142(5):1391-1400.e15

Authorship: NURIA GARCIA DIAZ, BERTA CASAR MARTINEZ, RUTH ALONSO-ALONSO, LAURA QUEVEDO PALACIO, MARTA RODRÍGUEZ, FULGENCIO RUSO JULVE, ANNA ESTEVE-CODINA, MARTA GUT, ALEJANDRO A. GRU, MARIA CARMEN GONZALEZ VELA, IVO GUT, JOSÉ LUIS RODRIGUEZ-PERALTO, IGNACIO VARELA EGOCHEAGA, PABLO LUIS ORTIZ-ROMERO, MIGUEL A. PIRIS, JOSE PEDRO VAQUE DIEZ

2022

Role of SWI/SNF chromatin remodeling genes in lung cancer development

Article

Biochemical Society transactions, 2022, 50(3), 1143-1150

Authorship: BEATRIZ MONTERDE MARTINEZ, IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

2022

The HDAC7-TET2 epigenetic axis is essential during early B lymphocyte development

Article

Nucleic Acids Research, 2022, Vol. 50, No. 15 8471-8490

Authorship: ALBA AZAGRA, AINARA MELER, ORIOL DE BARRIOS, LAUREANO TOMÁS-DAZA, OLGA COLLAZO, BEATRIZ MONTERDE MARTINEZ, MIREIA OBIOLS, LLORENÇ ROVIROSA, MARÍA VILA-CASADESÚS, MÓNICA CABRERA-PASADAS, MAR GUSI-VIVES, THOMAS GRAF, IGNACIO VARELA EGOCHEAGA, JOSÉ LUIS SARDINA, BIOLA M. JAVIERRE, MARIBEL PARRA

29/07/2022

pTINCR microprotein promotes epithelial differentiation and suppresses tumor growth through CDC42 SUMOylation and activation

Article

Nature Communications (2022) 13: 6840

Authorship: OLGA BOIX, MARION MARTÍNEZ, SANTIAGO VIDAL, MARTA GIMÉNEZ-ALEJANDRE, LLUÍS PALENZUELA, LAURA LORENZO-SANZ, LAURA QUEVEDO PALACIO, OLIVIER MOSCOSO, JORGE RUIZ-ORERA, PILAR XIMÉNEZ-EMBÚN, NIKAOLY CIRIACO, PAOLO NUCIFORO, CAMILLE STEPHAN-OTTO ATTOLILNI, M. MAR ALBÀ, JAVIER MUÑOZ, TIAN V. VIAN, IGNACIO VARELA EGOCHEAGA, ANA VIVANCOS, SANTIAGO RAMÓN Y CAJAL, PURIFICACIÓN MUÑOZ

11/11/2022

ARID2 deficiency promotes tumor progression and is associated with higher sensitivity to chemotherapy in lung cancer

Article

Oncogene 2021 Apr;40(16):2923-2935

Authorship: THAIDY MORENO RODRIGUEZ, BEATRIZ MONTERDE MARTINEZ, LAURA GONZALEZ SILVA, ISABEL BETANCOR-FERNÁNDEZ, CARLOS REVILLA GOMEZ, ANTONIO MANUEL AGRAZ DOBLAS, JAVIER FREIRE, PABLO ISIDRO, LAURA QUEVEDO PALACIO, ROSA FERNANDA BLANCO FERNÁNDEZ, SANTIAGO MONTES-MORENO, LAURA CERECEDA, AURORA ASTUDILLO, BERTA CASAR MARTINEZ, PEDRO CRESPO BARAJA, CRISTINA MORALES TORRES, PAOLA SCAFFIDI, JAVIER GÓMEZ-ROMÁN, EDUARDO SALIDO, IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

2021

Integrative methylome-transcriptome analysis unravels cancer cell vulnerabilities in infant MLLrearranged B cell acute lymphoblastic leukemia

Article

J Clin Invest . 2021 Jul 1;131(13):e138833

Authorship: JUAN RAMÓN TEJEDOR, CLARA BUENO, MERITXELL VINYOLES, PAOLO PETAZZI, ANTONIO MANUEL AGRAZ DOBLAS, ISABEL COBO, RAÚL TORRES-RUIZ, GUSTAVO F. BAYÓN, RAÚL F. PÉREZ, SARA LÓPEZ- TAMARGO, FRANCISCO GUTIERREZ-AGÜERA, PABLO SANTAMARINA-OJEDA, MANUEL RAMÍREZ- ORELLANA, MICHELA BARDINI, GIANNI CAZZANIGA, PAOLA BALLERINI, PAULINE SCHNEIDER, RONALD W. STAM, IGNACIO VARELA EGOCHEAGA, MARIO F. FRAGA

2021

A Spotlight on cancer researchers in Spain: new paradigms and disruptive ideas

Article

Clinical and Translational Oncology, 2020, 22(6), 798-801

Authorship: S. RAMÓN Y CAJAL, P. SANCHO, L. SOUCEK, H. PEINADO, M. ABAD, M. VALIENTE, A. EFEYAN, J. PARDO, V. QUESADA, J. JIMENO, P. M. DUQUE, A. ANTÓN, IGNACIO VARELA EGOCHEAGA, A. J. SCHUHMACHER

2020

Analysis pipelines for cancer genome sequencing in mice

Article

Nat Protoc . 2020 Feb;15(2):266-315.

Authorship: SEBASTIAN LANGE, THOMAS ENGLEITNER, SEBASTIAN MUELLER, ROMAN MARESCH, MAXIMILIAN ZWIEBEL, LAURA GONZALEZ SILVA, GÜNTER SCHNEIDER, RUBY BANERJEE, FENGTANG YANG, GEORGE S. VASSILIOU, MATHIAS J. FRIEDRICH, DIETER SAUR, IGNACIO VARELA EGOCHEAGA, ROLAND RAD

01/02/2020

Tumor Functional Heterogeneity Unraveled by scRNA-seq Technologies

Article

Trends Cancer . 2020 Jan;6(1):13-19

Authorship: LAURA GONZALEZ SILVA, LAURA QUEVEDO PALACIO, IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

2020

HDAC7 is a major contributor in the pathogenesis of infant t(4;11) proB acute lymphoblastic leukemia

Article

Leukemia . 2020 Dec 1.

Authorship: ORIOL DE BARRIOS, ALEXANDROS GALARAS, JUAN L. TRINCADO, ALBA AZAGRA, OLGA COLLAZO, AINARA MELER, ANTONIO MANUEL AGRAZ DOBLAS, CLARA BUENO, PAOLA BALLERINI, GIOVANNI CAZZANIGA, RONALD W. STAM, IGNACIO VARELA EGOCHEAGA, PAOLA DE LORENZO, MARIA GRAZIA VALSECCHI, PANTELIS HATZIS, PABLO MENÉNDEZ, MARIBEL PARRA

2020

12 results

Start year

6 results

MULTIDISCIPLINARY DISSECTION OF THE CHEMOTHERAPY RESISTANCE MECHANISMS IN TRIPLE NEGATIVE BREAST CANCER: A STEP TOWARDS IMPROVED CLINICAL CARE

INST. DE BIOMEDICINA Y BIOTECNOLOGÍA DE CANTABRIA

Head: IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

Typology: Competitive national public projects

Start year: 2021

CONEXIONES ENTRE LAS ALTERACIONES EN EL COMPLEJO REMODELADOR SWI-SNF Y LAS RUTAS TUMORALES CANÓNICAS EN CÁNCER DE PULMÓN. Proyecto PID2020-117539GB-I00 financiado por MICIU/AEI /10.13039/501100011033

INST. DE BIOMEDICINA Y BIOTECNOLOGÍA DE CANTABRIA

Head: IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

Typology: Competitive national public projects

Start year: 2021

PLATAFORMA DE MICROSCOPÍA CONFOCAL CON CAPACIDAD DE SUPERRESOLUCIÓN Y HIGH CONTENT ANALYSIS (Proyecto EQC2021-007165-P financiada por MICIU/AEI /10.13039/501100011033 y por la Unión Europea NextGenerationEU/PRTR

INST. DE BIOMEDICINA Y BIOTECNOLOGÍA DE CANTABRIA

Head: IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

Typology: Complementary actions and Infrastructures

Start year: 2021

EQUIPAMIENTO PARA LABORATORIO DE CULTIVOS CELULARES

INST. DE BIOMEDICINA Y BIOTECNOLOGÍA DE CANTABRIA

Head: IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

Typology: Complementary actions and Infrastructures

Start year: 2018

ESTUDIO MOLECULAR DE LOS MECANISMOS RESPONSABLES DEL PAPEL DE LOS COMPLEJOS SWI/SNF EN LA PROGRESIÓN TUMORAL Y SU POSIBLE USO PARA EL DESARROLLO DE TERAPIAS CONTRA EL CÁNCER (SAF2016-76758-R) (AEI/FEDER, UE)

INST. DE BIOMEDICINA Y BIOTECNOLOGÍA DE CANTABRIA

Head: IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

Typology: Competitive national public projects

Start year: 2016

MOLECULAR CHARACTERIZATION OF THE ROLE OF INTRATUMOR HETEROGENEITY IN CANCER PROGRESSION AND METASTASIS

INST. DE BIOMEDICINA Y BIOTECNOLOGÍA DE CANTABRIA

Head: IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

Typology: European and international projects

Start year: 2015

6 results

Export: BibExport in Bibtex format Export for reference manager Export to Excel Export to CSV Export to JSON

Year

2 results

Estudio molecular de los mecanismos responsables del papel de los complejos SWI/SNF en la progresión tumoral y su posible uso para el desarrollo de terapias contra el cáncer.

Authorship: BEATRIZ MONTERDE MARTÍNEZ

Supervision: IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

Defense date: 21/04/2023

Caracterización genética y funcional de la heterogeneidad intratumoral en un modelo murino de cáncer de páncreas

Authorship: LAURA QUEVEDO PALACIO

Supervision: IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

Defense date: 27/07/2022

2 results

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Detalle GrupoIDI

Genómica y Transcriptómica Funcional del Desarrollo Tumoral

IGNACIO VARELA EGOCHEAGA

High rate of mutations of adhesion molecules and extracellular matrix glycoproteins in patients with adult-onset focal and segmental glomerulosclerosis

MYC directly transactivates CR2/CD21, the receptor of the Epstein-Barr virus, enhancing the viral infection of Burkitt lymphoma cells

PLCy1/PKC0 Downstream Signaling Controls Cutaneous T-Cell Lymphoma Development and Progression

Role of SWI/SNF chromatin remodeling genes in lung cancer development

The HDAC7-TET2 epigenetic axis is essential during early B lymphocyte development

pTINCR microprotein promotes epithelial differentiation and suppresses tumor growth through CDC42 SUMOylation and activation

ARID2 deficiency promotes tumor progression and is associated with higher sensitivity to chemotherapy in lung cancer

Integrative methylome-transcriptome analysis unravels cancer cell vulnerabilities in infant MLLrearranged B cell acute lymphoblastic leukemia

A Spotlight on cancer researchers in Spain: new paradigms and disruptive ideas

Analysis pipelines for cancer genome sequencing in mice

Tumor Functional Heterogeneity Unraveled by scRNA-seq Technologies

HDAC7 is a major contributor in the pathogenesis of infant t(4;11) proB acute lymphoblastic leukemia

MULTIDISCIPLINARY DISSECTION OF THE CHEMOTHERAPY RESISTANCE MECHANISMS IN TRIPLE NEGATIVE BREAST CANCER: A STEP TOWARDS IMPROVED CLINICAL CARE

CONEXIONES ENTRE LAS ALTERACIONES EN EL COMPLEJO REMODELADOR SWI-SNF Y LAS RUTAS TUMORALES CANÓNICAS EN CÁNCER DE PULMÓN. Proyecto PID2020-117539GB-I00 financiado por MICIU/AEI /10.13039/501100011033

PLATAFORMA DE MICROSCOPÍA CONFOCAL CON CAPACIDAD DE SUPERRESOLUCIÓN Y HIGH CONTENT ANALYSIS (Proyecto EQC2021-007165-P financiada por MICIU/AEI /10.13039/501100011033 y por la Unión Europea NextGenerationEU/PRTR

EQUIPAMIENTO PARA LABORATORIO DE CULTIVOS CELULARES

ESTUDIO MOLECULAR DE LOS MECANISMOS RESPONSABLES DEL PAPEL DE LOS COMPLEJOS SWI/SNF EN LA PROGRESIÓN TUMORAL Y SU POSIBLE USO PARA EL DESARROLLO DE TERAPIAS CONTRA EL CÁNCER (SAF2016-76758-R) (AEI/FEDER, UE)

MOLECULAR CHARACTERIZATION OF THE ROLE OF INTRATUMOR HETEROGENEITY IN CANCER PROGRESSION AND METASTASIS

Estudio molecular de los mecanismos responsables del papel de los complejos SWI/SNF en la progresión tumoral y su posible uso para el desarrollo de terapias contra el cáncer.

Caracterización genética y funcional de la heterogeneidad intratumoral en un modelo murino de cáncer de páncreas