Licenciado (con Grado Modalidad Tesina) en Ciencias Biológicas por la Universidad del País Vasco (UPV-EHU) (1990). Desarrolló su tesis doctoral en Biología Molecular en el Centro de Investigaciones Biológicas (CIB-CSIC), consiguiendo el Premio Extraordinario de Tesis Doctoral en la Universidad Autónoma de Madrid. Durante 9 años (1994-2003), realizó diversas trabajó en el grupo del Premio Nobel John Walker (MRC-Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK (1994-1999); EMBO, Long Term Fellowship (1994-1996), HFSP (1996-1999); MRC-Dunn Human Nutrition Centre, Cambridge, UK (1999-2003). Posteriormente trabajó en el Centro Nacional de Biotecnología, CNB-CSIC (2003-2004)(grupo de José L Carrascosa y José M Valpuesta), después de las cuales consiguió una plaza como Investigador Ramón y Cajal (2004-2008), para posteriormente incorporarse a la Universidad de Cantabria, primero como Profesor Contratado Doctor (2008-2010), y actualmente como Profesor Titular de Universidad (2010--). En la actualidad es el Jefe del Departamento de Microbiología Molecular y Genómica del IBBTEC y vocal de la Junta Directiva de la Sociedad Española de Microscopía.
Ignacio Arechaga ha publicado más de 40 artículos en revistas científicas internacionales. Se puede consultar el listado en el siguiente enlace https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=arechaga+i&sort=pubdate
Además de su labor investigadora, es Profesor Titular en el Área de Genética, participando en la docencia en el Grado de Medicina.