Borja Alonso es Ingeniero de Caminos, Canales y Puertos y Doctor por la Universidad de Cantabria. Actualmente es Profesor Titular en el área de Ingeniería e Infraestructura de los Transportes en dicha universidad, donde lleva ejerciendo la labor docente desde el año 2010.
Sus líneas de investigación se centran en el análisis operacional de redes de tráfico, diseño de sistemas de transporte público y modelos de comportamiento del usuario.