El Comité Científico Externo es nombrado por la Comisión Rectora, oída la Junta, y está constituido por científicos de alto prestigio internacional, expertos en las líneas de investigación del Instituto. Entre las funciones del Comité, destacan:
- Asesorar, a solicitud de la Dirección, previo conocimiento de la Comisión Rectora, sobre el desarrollo de las líneas y proyectos de investigación.
- Asesorar a la Comisión Rectora, a solicitud de la misma, en cualquier aspecto del trabajo de investigación del Instituto.
- Asesorar a la Junta previo conocimiento de la Comisión Rectora en la elaboración del Plan Estratégico, así como proceder a su informe, en su caso, previamente a la aprobación por este Órgano.
- Informar a petición de la Comisión Rectora sobre las solicitudes de los investigadores que aspiren a incorporarse al IBBTEC.
- Valorar, en su caso, las candidaturas propuestas en el proceso de elección de la Dirección.
- Cuantas otras funciones puedan serle encomendadas.
Actualmente, son seis los miembros del Comité Científico Externo:
 Paola Bovolenta Nicolao (CBM)
|  Mariano Barbacid Montalban (CNIO)
|  Josep Casadesus Pursals (USE)
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 Luis Ángel Fernández Herrero (CNB)
|  Rafael Giraldo Suárez (CIB)
|  Ana Zubiaga Elordieta (UPV)
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