Las instalaciones del Instituto están localizadas en el Parque Científico y
Tecnológico de Cantabria (PCTCAN). Cuenta con las tecnologías más avanzadas en biología molecular y celular, tales como secuenciación masiva, bioinformática, cristalografía de proteínas o microscopía, permitiendo el análisis exhaustivo de genes y proteínas enfocados a multitud de problemas biológicos.
El edificio tiene una superficie de 6.000 m2 distribuidos en cinco plantas, y cuenta con 22 laboratorios para grupos de investigación. Cuenta, además, con una serie de laboratorios e instalaciones comunes de apoyo, donde se integran laboratorios de radioactividad, microfluídica, cultivos, histología de contención biológica de nivel dos (BSL-2), y de microorganismos de contención biológica de nivel tres (BSL-3), uno de los escasos laboratorios de estas características operativos en el país.
Por otra parte, el IBBTEC alberga en sus instalaciones una Bio-incubadora de empresas de base tecnológica (EBTs), que pretende convertirse en un referente para la atracción de proyectos de alto impacto y proyección, siendo una herramienta estratégica para la transferencia de los resultados de investigación al tejido productivo y la sociedad.
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